La situation financière des pouvoirs publics est tendue. Le nombre d’étudiants augmente. Afin de garantir la qualité de l'enseignement et de la recherche, il convient d'optimiser l'utilisation des ressources financières disponibles. Dans ce contexte, la Confédération et les cantons ont mis sur pied le Masterplan Hautes écoles spécialisées. Il définit les priorités et les mesures de la stratégique commune afin d’assurer la concordance entre les objectifs et les moyens disponibles. Cet instrument permet d’améliorer la planification et l’efficience du système des hautes écoles spécialisées.
L’objectif du Masterplan Hautes écoles spécialisées est de poursuivre l’optimisation des moyens consacrés aux hautes écoles spécialisées et de permettre à ces dernières de développer leur portfolio dans les domaines de l’enseignement et de la recherche. Au nombre des priorités figurent la conduite efficace des filières d’études bachelor professionnalisantes et orientées vers la pratique, le maintien d'un nombre limité de filières d’études master et la recherche appliquée dans les hautes écoles spécialisées. Les mesures éprouvées sont reconduites : taux de coûts standard par étudiant et normes concernant les projets d’infrastructure.
En tant qu’outil de planification commun à la Confédération et aux cantons, le masterplan a été utilisé pour la première fois pendant la période 2004 à 2007 et a produit les résultats escomptés. Les coûts moyens par étudiant ont pu être abaissés et davantage de moyens ont été attribués à la recherche et développement.