Dans le cadre de ses compétences légales, la Confédération finance des mesures dans les domaines de la formation générale, de la formation professionnelle, de la formation continue, des hautes écoles, de la recherche et de l’innovation. Chacun de ceux-ci est concerné par divers thèmes cruciaux pour l’ensemble du domaine FRI et devant donc à ce titre être considérés comme prioritaires.
Pour la période FRI 2025-2028, le Conseil fédéral a défini quatre thèmes transversaux dont l'importance s'étend à tous les domaines d'encouragement :
Ces thèmes transversaux englobent des tâches à long terme, à poursuivre sur une période de quatre ans. Conformément aux principes de la politique d'encouragement FRI, leur déploiement intervient autant que possible au moyen des structures et des instruments d'encouragement déjà établis. La Confédération et les acteurs FRI définissent les objectifs et les prestations relatifs aux quatre thèmes transversaux dans les objectifs stratégiques et les conventions de prestations.