Des chercheurs suisses issus de 12 instituts représentant les deux EPF, les universités de Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne et Zurich ainsi que l'Institut Paul Scherrer collaborent à des expériences au CERN, en premier lieu dans les domaines de la physique des particules (neutrinos, LHC, matière/antimatière), de la médecine et de la recherche technologique (électronique, matériaux). Le transfert de technologie vers les entreprises suisses constitue un élément majeur de cette collaboration. Des universités suisses se sont particulièrement engagées dans le développement de l'infrastructure du CERN, et les Universités de Bâle, de Berne, de Genève, de Lausanne et de Zurich, ainsi que l'EPF de Zurich et l'EPF de Lausanne, apportent leur contribution scientifique et financière au développement et à l'exploitation des grands détecteurs ATLAS, CMS et LHCb pour le LHC.
Le CERN est un employeur apprécié pour quelque 200 Suisses, chercheurs, ingénieurs, techniciens, employés d'administration, étudiants ou apprentis. Le laboratoire européen est aussi un partenaire intéressant pour notre économie: des contrats industriels et de services d'une valeur totale correspondant à une fois et demie à trois fois notre contribution sont passés chaque année avec des entreprises suisses.
La Suisse finance en général un peu plus de 4% du budget annuel global du CERN qui se monte à un peu plus d’un milliard de francs. Le Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) est responsable de la participation de la Suisse au CERN.