Der Bund und die Kantone regeln und finanzieren den BFI-Bereich entlang ihrer Zuständigkeiten und Trägerverantwortungen, die in der Bundesverfassung geregelt sind. An den systemischen Schnittstellen arbeiten sie eng zusammen.
Auf allen Ebenen des Bildungs-, Forschungs- und Innovationssystems sind Subsidiarität, Autonomie und föderalistische Zusammenarbeit tragende politische Prinzipien. Demnach handelt der Bund, wenn eine Aufgabe die Kraft der Kantone übersteigt oder einer einheitlichen Regelung bedarf. Der Bund verfügt über Regelungskompetenz im Berufsbildungsbereich, die Trägerfunktion für den ETH-Bereich und die Hauptverantwortung für die Forschungs- und Innovationsförderung sowie für die internationale BFI-Zusammenarbeit.